周五（4月22日），該研究團(tuán)隊(duì)在《Science》上發(fā)表了研究成果，題為“Substitution mutational signatures in whole-genome–sequenced cancers in the UK population”。研究人員根據(jù)英國(guó)國(guó)家醫(yī)療服務(wù)體系（NHS）基因組醫(yī)學(xué)中心提供的樣本，收集了15800多個(gè)能匹配100kGP腫瘤和正常樣本的全基因組序列數(shù)據(jù)，并且重點(diǎn)關(guān)注了患有19種癌癥類型的11585名英格蘭基因組參與者中的12222個(gè)序列。
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl9283
他們還研究了國(guó)際癌癥基因組聯(lián)盟(ICGC)記錄的另外3,001例病例的基因組序列數(shù)據(jù)，以及Hartwig醫(yī)學(xué)基金會(huì)評(píng)估的3,417例轉(zhuǎn)移性癌癥病例的基因組序列數(shù)據(jù)。
在識(shí)別體細(xì)胞突變的生物信息學(xué)幫助下，該團(tuán)隊(duì)追蹤并分析了腫瘤中每個(gè)受影響位點(diǎn)的數(shù)億個(gè)DNA序列替換、小的插入或缺失，以及重排，在腫瘤中發(fā)現(xiàn)了82個(gè)單堿基替代突變特征和27個(gè)雙堿基替代特征。
劍橋大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)院及其早期癌癥研究所的醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究員，該研究的第一作者Andrea Degasperi在一份聲明中說：“每一種癌癥都有無數(shù)個(gè)突變，我們有前所未有的技術(shù)，可以從NHS的患者中尋找到共性和差異，在這一過程中，我們發(fā)現(xiàn)了58個(gè)新的突變特征，這拓寬了我們對(duì)癌癥的認(rèn)知。”
研究人員表示，這一新發(fā)現(xiàn)包括之前未報(bào)道過的40個(gè)由單堿基替代標(biāo)記的突變特征，以及18個(gè)涉及雙堿基替代的新突變特征。總之，這些突變特征能反映所有可能性，從過去認(rèn)為的接觸突變?cè)?，如吸煙、紫外線、鉑化療或馬兜鈴酸等，到DNA修復(fù)或其他細(xì)胞過程中的內(nèi)源性錯(cuò)誤。
突變特征也提供了一種更為罕見的，可以反映腫瘤組織起源的特征。雖然出現(xiàn)了一組共同的突變特征，但該團(tuán)隊(duì)注意到，不斷增加的樣本量提高了對(duì)相對(duì)罕見的突變特征的檢測(cè)率。
此外，盡管有一些共同的突變因子，突變特征還是為腫瘤起源部位的特異性提供了視角。在100kGP、ICGC和Hartwig醫(yī)學(xué)基金會(huì)樣本群體的16種組織類型中，作者指出,“比起其他組織類型，不同群體同一個(gè)器官的特征要更加相近，這表明每個(gè)器官的突變特征是可高度復(fù)制的。而且，不同群體同一個(gè)器官的特征具有組織特異性，無論測(cè)序平臺(tái)還是突變調(diào)用算法都能檢測(cè)到。”
他們認(rèn)為，檢測(cè)突變特征有助于開發(fā)尚未發(fā)現(xiàn)的治療靶點(diǎn)、治療策略和疾病管理方案，這可以推動(dòng)一種為有效揭示腫瘤突變特征的“特征匹配多步驟”(FitMS)新算法的開發(fā)，該算法在100個(gè)模擬基因組序列中進(jìn)行了測(cè)試，這些序列包括在乳腺癌中發(fā)現(xiàn)的幾種常見或罕見的單堿基替代特征。
該研究的資深作者、劍橋大學(xué)和劍橋大學(xué)醫(yī)院的基因組醫(yī)學(xué)和生物信息學(xué)研究員Serena Nik-Zainal指出，突變特征“可以突出特定藥物靶向的異常，或者可以表明個(gè)別癌癥潛在的致命弱點(diǎn)”。（轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)網(wǎng)360zhyx.com）
參考資料：
https://www.genomeweb.com/sequencing/new-mutational-signatures-detected-cancers-profiled-uks-100k-genomes-project#.YmStlu1ByUk
注：本文旨在介紹醫(yī)學(xué)研究進(jìn)展，不能作為治療方案參考。如需獲得健康指導(dǎo)，請(qǐng)至正規(guī)醫(yī)院就診。
