| 導(dǎo)讀 |
遺傳疾病（單基因疾病、基因組結(jié)構(gòu)缺陷和拷貝數(shù)變異）是導(dǎo)致10歲以下兒童死亡的主要原因。一項(xiàng)新的分析顯示，對(duì)于遺傳疾病兒童的檢測(cè)，全基因組測(cè)序（WGS）和全外顯子組測(cè)序（WES）比染色體微陣列（CMA）具有更大的診斷和臨床價(jià)值。美國(guó)圣地亞哥Rady兒童醫(yī)院基因組醫(yī)療研究所的研究人員建議，測(cè)序應(yīng)該被視為遺傳疾病的一線診斷工具。
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新興診斷工具
目前，染色體微陣列被推薦用于某些遺傳疾病的兒童的一線基因組檢測(cè)。然而，近年來(lái)，全基因組測(cè)序和全外顯子組測(cè)序已經(jīng)成為更常見(jiàn)的檢測(cè)方法。
在疑似遺傳性疾病患兒中建立病因診斷，對(duì)于及時(shí)實(shí)施精準(zhǔn)醫(yī)療和最佳診療結(jié)果至關(guān)重要，特別是在指導(dǎo)重大的臨床決策方面。目前除了少數(shù)遺傳性疾病（如染色體非整倍體）在出生時(shí)有病理發(fā)現(xiàn)外，病因診斷需要確定病因分子基礎(chǔ)。
而在實(shí)踐中，這是非常困難的。主要是以下幾個(gè)原因，首先是遺傳的異質(zhì)性，有超過(guò)5200種遺傳疾病已經(jīng)建立了分子基礎(chǔ)。其次，嬰兒的臨床異體遺傳疾病的表現(xiàn)形式往往是對(duì)年長(zhǎng)兒童的典型描述。第三，在患有遺傳疾病的嬰兒中，并發(fā)癥是常見(jiàn)的，包括早產(chǎn)、出生創(chuàng)傷和膿毒癥的臨床表現(xiàn)。第四，大約4%的兒童有不止一個(gè)基因診斷。最后，疾病在兒童中的進(jìn)展速度更快，診斷就是和時(shí)間進(jìn)行賽跑。
目前CMA被推薦用于患有多種遺傳性疾病的兒童一線診斷工具。在過(guò)去五年里，WGS和WES開(kāi)始廣泛應(yīng)用于疑似遺傳性疾病的嬰幼兒的病因診斷。及時(shí)的分子診斷，或可為兒童的遺傳疾病建立一個(gè)新的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)時(shí)代。
Rady兒童醫(yī)院基因組醫(yī)療研究所的研究人員報(bào)告了一篇文獻(xiàn)綜述和薈萃分析，討論了與 CMA相比，WGS和WES在患有任何疑似遺傳疾病的兒童（0-18歲）中的診斷和臨床應(yīng)用。
研究結(jié)果以 “Meta-analysis of the diagnostic and clinical utility of genome and exome sequencing and chromosomal microarray in children with suspected genetic diseases”為題發(fā)表在《npj Genomic Medicine》雜志上。
更大的臨床價(jià)值
研究人員對(duì)PubMed網(wǎng)站進(jìn)行了篩選，發(fā)現(xiàn)了2011年1月至2017年8月間發(fā)表的37項(xiàng)研究，其中包括20,068名兒童，并對(duì)WGS和WES與CMA相比的診斷效用進(jìn)行了評(píng)估。
Clark和她的同事報(bào)告說(shuō)，在這些研究中，WGS綜合診斷效用為0.41，在質(zhì)量上比WES(0.36)或CMA(0.10)要大。
當(dāng)研究人員對(duì)WES、WGS和CMA診斷效用的異質(zhì)性進(jìn)行建模時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)了研究規(guī)模和發(fā)表年份的影響。規(guī)模較大的研究可以降低診斷的幾率。平均而言，研究規(guī)模增加1000人，診斷幾率降低28%。此外，隨著時(shí)間的推移，WES和WGS的診斷率每年增加約16%，而通過(guò)CMA確診的幾率每年減少14%。研究人員指出，隨著時(shí)間的推移，這種變化很可能是由于測(cè)序技術(shù)的發(fā)展。
盡管如此，在2017年發(fā)表的近2000名兒童的11項(xiàng)研究中，WGS綜合診斷效用為0.42，CMA為0.05。研究人員指出，很少有研究將WES和WGS進(jìn)行比較。他們對(duì)138名兒童進(jìn)行了調(diào)查，發(fā)現(xiàn)兩種方法的診斷效用沒(méi)有顯著差異。
當(dāng)研究人員將WES和WGS放在一起，將它們與CMA進(jìn)行比較時(shí)，他們發(fā)現(xiàn)，通過(guò)測(cè)序方法得到診斷的幾率是CMA的8.3倍。這表明，WGS/WES應(yīng)被認(rèn)為是對(duì)疑似遺傳病兒童的一線診斷工具。
“我們希望整個(gè)基因組測(cè)序很快成為常規(guī)檢測(cè)，以便所有需要它的兒童都能獲得這一拯救生命的技術(shù)，” Rady兒童醫(yī)院基因組醫(yī)療研究所的總裁兼首席執(zhí)行官Stephen Kingsmore在一份聲明中說(shuō)。
當(dāng)然，研究人員也指出，WGS的價(jià)格是WES的兩倍，WES本身的價(jià)格是CMA的兩倍。而且，這項(xiàng)研究受限于已發(fā)表的診斷率、無(wú)法控制異質(zhì)性，以及一些進(jìn)行測(cè)序的兒童以前曾接受過(guò)CMA分析。
責(zé)編：風(fēng)鈴
參考資料
Sequencing has Greater Diagnostic, Clinical Utility Than Microarrays for Pediatric Genetic Disease
