數(shù)據(jù)庫(kù)資源
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現(xiàn)在我們有了基因測(cè)序，what next？
時(shí)間：2014-07-02 14:18:57 來(lái)源：轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)網(wǎng) 點(diǎn)擊：
過去30年里，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，當(dāng)很多腫瘤的“驅(qū)動(dòng)基因”發(fā)生異常—突變或不恰當(dāng)表達(dá)時(shí)，可以導(dǎo)致癌癥的發(fā)生。早些時(shí)候，一些針對(duì)這些基因的臨床實(shí)驗(yàn)取得了讓人矚目的結(jié)果，所以這一領(lǐng)域藥物的研發(fā)和審批都發(fā)展十分迅速。這些藥物的使用一般都要求腫瘤患者存在相應(yīng)的異?；?，比如，只有當(dāng)乳癌和胃癌患者Her2高表達(dá)時(shí)才能使用赫賽?。℉erceptin），還有惡性黑色素瘤患者需要有BRAFV600突變才可以使用BRAF抑制劑Vemurafenib。
早期的腫瘤研究著重關(guān)注那些“顯性的”基因改變，比如，研究那些將細(xì)胞拖入腫瘤惡性特質(zhì)的驅(qū)動(dòng)基因。最經(jīng)典的例子就是抑制慢性粒細(xì)胞白血?。–ML）重排Abl基因活性的藥物伊馬替尼（Imatinib），這是一個(gè)真正意義上的、不含糊的靶向治療藥物。此外，還有后來(lái)在肺癌中應(yīng)用的EGFR和ALK抑制劑等。因此，目前關(guān)于靶向治療的臨床實(shí)驗(yàn)大多也是據(jù)此將患者分層，并且有靶標(biāo)的患者獲益很明顯，比如，肺癌領(lǐng)域的EURTAC研究比較了EGFR突變的肺癌患者一線實(shí)驗(yàn)厄洛替尼（Erlotinib）治療，這個(gè)實(shí)驗(yàn)在納入174名患者后就被終止了，因?yàn)橹衅谠u(píng)估發(fā)現(xiàn)一線使用厄洛替尼能夠兩倍延長(zhǎng)PFS。但是，厄洛替尼早在五年前被批準(zhǔn)用于所有肺癌晚期患者的二線治療，是因?yàn)楫?dāng)時(shí)一個(gè)納入700人的研究證明（不考慮EGFR狀態(tài)），厄洛替尼能夠輕微延長(zhǎng)患者生存期（2.2m vs 1.8m）?？梢?，同樣的藥物，不同的人群選擇，治療效果就有明顯的差異。一個(gè)反面的例子是，關(guān)于多靶點(diǎn)抑制劑藥物索拉非尼（sorafenib）的研究分別在1000多名沒有明確靶點(diǎn)的腎細(xì)胞癌、肝細(xì)胞癌及甲狀腺癌患者中進(jìn)行，遺憾的是，我們并沒有找到這個(gè)靶向藥物的最獲益亞群，而更讓人迷惑的是，索拉非尼可能還通過抑制VEGF受體來(lái)起效。
近十年來(lái)，腫瘤基因測(cè)序發(fā)展迅速，相關(guān)的研究也涉及到基因的各個(gè)方面，比如：DNA單核苷酸多態(tài)性（SNP）檢測(cè)基因單點(diǎn)突變、基因比較雜交（Comparative genomic hybridization, CGH）研究基因片段的缺失或增加，以及染色體的重排等等。最近，也有基因某種突變?cè)趲讉€(gè)基因、整個(gè)外顯子或者全基因組的重新測(cè)序確認(rèn)的研究。此外，關(guān)于RNA和腫瘤“表型基因組”（epigenome）的研究也日益增多，比如甲基化、組蛋白修飾、翻譯因子作用于DNA（transcription occupancy on DNA）等等的研究也在進(jìn)行。
隨著上述研究的深入，越來(lái)越多患者依據(jù)其腫瘤組織的基因數(shù)據(jù)被分類、被分層。這樣的患者分層是否真的合適目前以基因?yàn)橹行牡闹委?。這里有兩個(gè)問題：
1.如何能夠?qū)⒒颊叩幕驍?shù)據(jù)最合理的使用，從而實(shí)現(xiàn)“精準(zhǔn)腫瘤治療”？
2.患者應(yīng)該如何根據(jù)基因特點(diǎn)進(jìn)行更合理的分類？
一個(gè)值得注意的是，很多不同組織類型的腫瘤都有類似的突變。比如，BRAFV600E突變?cè)诮Y(jié)直腸癌中占5-8%，在甲狀腺乳頭狀癌中占30-70%，此外，也有少部分肺癌、腦腫瘤含有這個(gè)突變。盡管在惡性黑色素瘤中使用Vemurafinib（BRAF V600靶向）效果良好，但是目前其他有同樣突變的腫瘤使用這個(gè)藥物的效果則讓人失望。近期的研究證明，EGFR信號(hào)通路可以通過旁路激活而繞過BRAF信號(hào)通路，這說(shuō)明，在這些藥物不敏感的腫瘤中，BRAF被激活的意義目前尚不明確。所以，在腫瘤中出現(xiàn)頻率較少、但是卻能橫跨很多腫瘤類型的突變是目前靶向治療的一個(gè)攻克難點(diǎn)。最近，一種叫做“籃子”研究（basket study）的研究方式給我們提供了一種選擇：很多不同種類的腫瘤如果含有同一個(gè)突變，均放在一起研究。這是因?yàn)槟硞€(gè)腫瘤很少見或者某個(gè)突變比較少，單個(gè)腫瘤類型進(jìn)行研究時(shí)很難完成大規(guī)模的入組。同時(shí)，這些少見腫瘤/突變的患者往往有巨大的新藥需求，但是關(guān)于它們的研究卻往往停滯不前。但是，這種籃子研究也有缺點(diǎn)，比如：分組困難、臨床應(yīng)用及監(jiān)管部門審批治療為難，并且，由于驅(qū)動(dòng)基因在不同的腫瘤中作用并不一致，所以研究某個(gè)腫瘤的驅(qū)動(dòng)基因的時(shí)候，必須結(jié)合疾病基因的“上下文”來(lái)考慮。
另外一個(gè)值得探討的話題是腫瘤的分類依據(jù)。目前，盡管實(shí)體腫瘤還是按照腫瘤的組織類型和解剖學(xué)位置分類，而血液系統(tǒng)腫瘤的分類則很大程度上按照惡性細(xì)胞的驅(qū)動(dòng)基因/起源進(jìn)行分類。比如，兒童最常見的B細(xì)胞淋巴細(xì)胞白血?。˙-ALL），目前已經(jīng)根據(jù)起源分為10-12種，發(fā)生頻率在1-30%之間，這樣的分類能夠更好的指導(dǎo)白血病的個(gè)體化治療。在實(shí)體瘤中，類似的研究則是進(jìn)展十分緩慢。固然這樣的分類方法在診斷和治療上有其缺陷性，但是，我們將腫瘤依據(jù)突變基因重新分類則是非常有前景的方法。
隨著我們對(duì)驅(qū)動(dòng)基因和靶向藥物了解的增多，可以預(yù)見的是，未來(lái)的腫瘤分類是依賴對(duì)靶向治療藥物的有效反應(yīng)進(jìn)行的。對(duì)于腫瘤分類的探索，我們?nèi)绻軌蚓C合考慮表達(dá)、序列、表觀的信息重新進(jìn)行綜合分類，我們有理由期待一個(gè)真實(shí)可靠的“腫瘤亞型”可以確定出來(lái)。尤其是腫瘤表觀學(xué)的信息上，我們更需要加強(qiáng)研究。目前，一些對(duì)腫瘤綜合基因信息的應(yīng)用和探索已經(jīng)在臨床實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行。比如NCI批準(zhǔn)了1000余名患者將基因綜合信息應(yīng)用與臨床治療的決策當(dāng)中。我們有理由相信這種努力能夠使得目前這么多靶向藥物的療效最大化。如何實(shí)施？首先，在病理學(xué)分型的基礎(chǔ)上，標(biāo)注幾百個(gè)目前已知的基因的信息，包括驅(qū)動(dòng)基因以及其他有作用的基因。將這些信息綜合考慮后，對(duì)每個(gè)患者進(jìn)行個(gè)體化的治療決策。此外，這種做法還能夠給其他的前沿的研究提供組織庫(kù)進(jìn)行試驗(yàn)和觀察。此外，通過這樣的研究，我們或許還能夠發(fā)現(xiàn)那些少見腫瘤的特異性的靶點(diǎn)，比如，2011年的一個(gè)研究發(fā)現(xiàn)，48個(gè)罹患毛細(xì)胞白血?。╤airy cell leukemia, HCL）的患者均有BRAF V600E這個(gè)突變，而HCL是一種相對(duì)少見的疾病，而使用Vemurafenib則給他們帶來(lái)了切實(shí)的好處。
腫瘤的全面測(cè)序和分析是未來(lái)的方向，更重要的是利用它，我們或許能夠重新評(píng)估和定義腫瘤類型、指導(dǎo)腫瘤藥物的研發(fā)、點(diǎn)明未來(lái)的治療方向。這需要大家齊心協(xié)力設(shè)計(jì)更多全測(cè)序相關(guān)的臨床實(shí)驗(yàn)，腫瘤醫(yī)生和研究者們，也應(yīng)該有這樣的意識(shí)和思考。
